新しいマシンにWindows Vistaを入れてみました
全体としてはちゃんと動きますが、ちょこちょこと細かいトラブルが

・SE-90PCI(ONKYOのサウンドカード)が鳴らない
  WindowsXP用のドライバをダウンロードして、インストーラを使わずにドライバの更新から入れると正しく動きそうに見えます
  が、実際に鳴らしてみると音割れしまくりのグチャグチャな音が出ます
  サンプリングレートを設定すればうまく鳴りそうだと当たりをつけて調べた結果、次の手順で解決できました

   1. VIAのページ http://www.viaarena.com/default.aspx?PageID=420&OSID=36&CatID=2910&SubCatID=107 から、envy24_family_drivers20061027sdv510beta1027.zip をダウンロードして展開します (2007/02/02時点)
   2. 展開したフォルダの中にsetup.exeがあるので、実行してインストールします
   3. インストールが終わると、Envy24 Family Audio Controller WDMというデバイスが動作しているはずです
      ただし、まともに鳴りません
   4. EnvyADeckを開きます (タスクトレイから開けます)
   5. 一番上のボタン(S/PDIF Control)をクリックして、右側のペインを開きます
   6. S/PDIF Out Enableのチェックを外します (ラジオボタンのようなUIですが、実際はチェックボックスです)
   7. Sample Rateを選べるようになるので、192を選択します
   8. コントロールパネルのサウンドを開き、Envy24 Family Audio Controller WDMのプロパティを開きます
   9. 詳細タブでサンプリングレートを「24ビット、192000 Hz (スタジオの音質)」にして、OKボタンを押します
   10. これで、ちゃんと鳴るようになります

・Ys I・II完全版のオープニングで画面が真っ暗
  これはいつか来た道です
   http://dev.ariel-networks.com/Members/anaka/899a304866f8304d-windowsxp-sp2ys-i30fbii5b8c5168724830aa30fc30cb30f36b62307e308b
  管理者で実行する必要があるので、Vistaの場合はちょっと手順が増えます
 
  1. スタートメニューから、[すべてのプログラム]-[アクセサリ]を開きます
  2. [コマンドプロンプト]を右クリックして、[管理者として実行]を選びます
  3. コマンドプロンプトが起動するので、「regsvr32 ir50_32.dll」を実行します
  4. 「ir50_32.dllのDllRegisterServerは成功しました」と表示されれば成功です
  5. Ysのオープニングで画面が表示されるようになります

・Sleipnirで設定が初期化された
  別マシン(WindowsXP)で使っているSleipnirを丸ごとコピーして実行したら、設定が完全に初期化されてしまいました
  お気に入りやRSSも全部消えてます
  Vistaになって設定ファイルを置く場所が変わったのだろうと当たりをつけて %APPDATA% を開いたら、Fenrir & Coフォルダがちゃんとありました
  Fenrir & Coフォルダの下の構造も見覚えがあります
  というわけで、C:\Program Files\Fenrir & Coから設定ファイルを%APPDATA%\Fenrir & Coにコピーして解決しました

・MS-IMEにxを長音記号として登録できない
  MSXユーザーなので、長音記号はxで入力するのが習慣になっています
  しかし、MS-IMEではこの設定ができないようです
  未解決ですが、ATOKの最新版を買うので問題ないはず

・Active Portsが動かない
  netstatすりゃいいんですが、あれば便利です
  が、管理者権限で実行したり、Windows Firewallに登録したりしても動きません
  未解決ですが、既にあきらめモードです

・DeamonToolsのインストーラでアドウェアが検出される
  「Daemon Tools」最新版v4.00にアドウェアが同梱 ( http://www.forest.impress.co.jp/article/2005/11/15/daemon40adware.html )を覚えていたので、アドウェアがインストールされかけたのは不思議でもなんでもない(というかインストールをキャンセルしようと待ち構えていた)のですが、Windows Defenderがこれをきちんと検出したのにはちょっとびっくりしました
  Windows Defenderは意外と使えるかも知れません